Le président, le vice-président, le conseil d'université et l'assemblée des établissements membres sont les principaux organes de l'UFA. Le président et le vice-président, l'un français, l'autre allemand, sont élus par l'assemblée des établissements membres sur proposition du conseil d'université. Monsieur le Professeur Otto Iancu et Monsieur le Professeur Patrice Neau occupent respectivement à l'heure actuelle les fonctions de président et de vice-président de l'Université franco-allemande.

Le président dispose d'un secrétariat dirigé par un secrétaire général, au sein duquel travaille à Sarrebruck une équipe composée de français et d'allemands.