Der Präsident und der Vizepräsident, ein Deutscher und ein Franzose, werden von der Versammlung der Mitgliedshochschulen auf Vorschlag des Hochschulrats gewählt. Zurzeit sind Prof. Dr. Patrice Neau als Präsident und Prof. Dr. Patricia Oster-Stierle als Vizepräsidentin im Amt.

Der Präsident verfügt über ein Sekretariat, das von einem Generalsekretär geleitet wird. Im Sekretariat in Saarbrücken arbeitet ein Team aus Deutschen und Franzosen.